Trenutno ih ima nešto manje od 600.000, ali procene IUCN-a ukazuju da bi do 2080. godine populacija mogla da se prepolovi. Samo u periodu od 2009. do 2018. godine nestalo je oko 10 odsto jedinki, odnosno više od 20.000 odraslih pingvina, prenosi Energetski portal.
Veći deo godine ove ptice provode na stabilnom morskom ledu, gde se pare, polažu jaja i podižu mlade. U tom periodu prolaze i kroz linjanje, odnosno menjaju vodootporno i toplotno izolaciono perje.
Međutim, od 2016. godine morski led se značajno smanjuje – ne samo po površini, već i po dužini trajanja tokom godine. To direktno ugrožava razmnožavanje, ali i opstanak jedinki tokom osetljivog perioda linjanja.
Zbog toga WWF od 2013. godine pruža podršku naučnicima u praćenju kolonija putem satelitskih snimaka visoke rezolucije, što je doprinelo odluci IUCN-a da ovu vrstu svrsta u ugrožene.
Na narednom sastanku Antarktičkog ugovora, koji će biti održan u maju 2026. godine u Japan, WWF će pozvati da se carski pingvin uvrsti na listu posebno zaštićenih vrsta. Time bi mu bila obezbeđena dodatna zaštita od pritisaka na stanište izazvanih ljudskim aktivnostima, uključujući turizam i pomorski saobraćaj.